Según el Departamento de Conservación Ambiental del estado, la calidad del agua en gran parte del lago Cayuga es buena y cumple con los estándares para beber y usos recreativos. La excepción, sin embargo, es el extremo sur poco profundo del lago.
Tiene cargas de sedimentos y nutrientes, incluido el fósforo, de diversas fuentes que dan como resultado el crecimiento de malezas y algas. El DEC dijo que se están cumpliendo los estándares actuales de calidad del agua para el uso del suministro de agua del lago, pero este uso se considera amenazado.
El lago y la cuenca hidrográfica han sido objeto de un seguimiento y estudio continuos por parte de varios grupos, incluidos el Instituto Finger Lakes y el Instituto de Ciencias de la Comunidad.
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